In der Rahmenhandlung des Films reist im Jahre 1973 ein junger japanischer Tourist auf die philippinische Insel Lubang, um den „letzten Soldaten des Krieges“ aufzuspüren. Dieser ist aus dem Off zu hören, während er seiner gefallenen Kameraden gedenkt: „Sie haben gesagt, wir kommen wieder.“ Onoda Hirō (Kanji Tsuda), der seit dreißig Jahren fernab der Zeitläufte im Dschungel lebt, ist ein Wartender und ein Überlebender. Mit seiner Treue zu Befehl und Vaterland ehrt er nicht nur die Vergessenen, sondern er demonstriert zugleich einen Gehorsam wider die Vernunft. Als der 22-jährige Onoda von seinem Vater in den Pazifikkrieg verabschiedet wird, beschwört ihn dieser: „Dein Körper ist dein Vaterland!“ Niemals dürfe dieser lebend in die Hände des Feindes fallen, weshalb der Vater dem Sohn zum Abschied einen Dolch schenkt. Doch der junge Leutnant gehört zu einer Spezialeinheit, deren Pflicht es ist, zu überleben: „Ihr habt nicht das Recht, zu sterben.“
Arthur Hararis epischer Film „Onoda – 10.000 Nächte im Dschungel“, der auf einer wahren Geschichte basiert, folgt den Spuren seines aus der Zeit gefallenen Titelhelden über einen Zeitraum von dreißig Jahren. Geleitet wird er dabei von Onodas rudimentären Tagebuchaufzeichnungen sowie von einer Karte der Insel, die dieser über die Jahre erstellt. Obwohl der pflichtbewusste Offizier den „totalen Widerstand“ befiehlt, kommt es kaum zu einer Feindberührung. Vielmehr scheint er einer Strategie des Ausweichens zu folgen. Die Absurdität der Mission resultiert schließlich gerade aus der schier unumstößlichen Überlebenspflicht, die sich nach dem Ende der Kampfhandlungen gegen die historische Wahrheit und damit auch gegen die neue Wirklichkeit des eigenen Heimatlandes stellt.
Und so erzählt Hararis ebenso beeindruckender wie vielschichtiger Film auf einer zweiten Ebene vor allem vom Zusammenhalt und der Freundschaft unter den wenigen verbleibenden Männern, die nach und nach sterben oder die Truppe verlassen. Onodas eigensinnige Mission trägt dabei zunehmend Züge einer Realitätsflucht. Umgeben von einem überwältigend satten Grün, von den Geräuschen des Dschungels und der feuchten Atmosphäre langer, sinnlicher Regentage, deutet der „letzte Held“ die Wirklichkeit um. Er folgt damit dem Auftrag und Diktum seines ehemaligen Vorgesetzten: „In letzter Instanz ist jeder allein sein eigener Offizier.“ Nur derjenige, der den Befehl gegeben hat, kann ihn widerrufen.